Sekolah Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Surakarta (SPs-UMS) berdiri pada tahun 1996 yang diawali dengan dibukanya Program Studi Magister Studi Islam. Kemudian pada tahun 1998 membuka program studi Magister Manajemen. Selanjutnya pada tahun 2001 SPs membuka tiga program studi baru yaitu Magister Manajemen Pendidikan, Magister Ilmu Hukum, dan Magister Teknik Sipil. Pada tahun 2006, SPs-UMS membuka dua program studi baru, yaitu Magister Pengkajian Bahasa dan Magister Sains Psikologi.
Pada tahun 2009 mulai diselenggarakan Pendidikan Doktor (S3) Ilmu Hukum dan Magister Pendidikan Islam. Sementara itu, pada tahun 2013 ini program Magister Hukum Islam secara resmi berdiri sebagai program studi, setelah sebelumnya beroperasi sebagai konsentrasi studi dari Magister Pemikiran Islam. Pada tahun 2014 SPs-UMS dipercaya untuk membuka program Studi Magister baru lagi yaitu Magister Farmasi dan Magister Teknik Mesin. Pada tahun 2015, dibuka program studi baru yaitu Magister Akuntansi. Pada tahun 2016 dibuka program studi Magister Teknik Kimia, dan tahun 2017 dibuka Program Doktor Pendidikan Islam dan Magister Pendidikan Dasar